Ayasofya'nın ibadete açılmasına ilişkin tartışmalar hakkındaki bir soru üzerine Çavuşoğlu, "Kesinlikle uluslararası bir konu değildir. Bu, ulusal egemenlik konusudur." dedi. Çavuşoğlu, Ayasofya'nın, İstanbul'un fethiyle, Osmanlı'nın mülkü olduğunu ve Fatih Sultan Mehmet adına kurulmuş olan Fatih Vakfiyesinde 1462'de cami olarak tescil edildiğini belirterek, "Bu, bir egemenlik meselesidir. Kimse Türkiye'deki dini azınlıkların haklarını ya da dini özgürlükleri tartışmaya açmasın. Geçmişte bizde de sorunlar oldu ama son 20 yıldır Türkiye'de farklı dinlere mensup azınlıkların haklarıyla ilgili attığımız adımlar ortada." diye konuştu. ABD'nin Uluslararası Dini Özgürlükler Raporu’nda Ayasofya konusuna atıfta bulunulmasına ilişkin ise Çavuşoğlu, şöyle devam etti: "Kimse Türkiye'yi sorgulamasın. Hele hele ABD gibi bir ülkenin bunu sorgulaması gerçekten abesle iştigal, trajikomik. Gerçekten ırkçılık var mı ABD'de, had safhada görüyoruz. İslam düşmanlığı, var. Son zamanlarda yabancı düşmanlığı, var. ABD'deki Müslümanlara yönelik taciz ve saldırılar, kongre üyesi Müslümanlar da dahil en üst düzeye de geliyor mu, geliyor. Türkiye ise, tam tersini yapıyor. Bunun tam tersini olumlu anlamda yapıyoruz. Böyle bir durumda Ayasofya'nın tartışmaya açılması, fetihten 567 yıl sonra halen Türk milleti karşıtlarının, Ayasofya'nın, hatta İstanbul'un kime ait olduğunu tartışmaya açması manidar. Bunu kabul edememişler."
Çavuşoğlu, 1462 tarihli Fatih Vakfiyesine ait orijinal belgeyi de göstererek, "Ayasofya'nın cami olarak tapusunun bu vakfa devredilmesini, tescil edilmesini gösteriyor. Bunun nesini tartışıyorsunuz?" diye konuştu. Ayasofya tartışmalarının, "hazmedememe ve kabullenememe" olduğunu söyleyen Çavuşoğlu, şunları kaydetti: "Burada önemli olan Türk milleti ne istiyor? Bunun çerçevesini, zaten Cumhurbaşkanımız çizdi. Bir derneğimiz Danıştaya başvurdu. 1934'te Ayasofya'nın müze olmasıyla ilgili karara karşı, bu kararın iptaline yönelik bir başvuru oldu. Zaten 2 Temmuz'da da, öyle görünüyor, Danıştay bunu değerlendirecek. Danıştay karar verecek. Bu doğrultuda, biz (konuyu) kendi egemenlik hakkımız olarak görürüz."
